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胃腸道基質瘤（gastrointestinal stromal tumor或簡稱GIST）的發病率，每年每100萬人約10～20人得病。 根據國民健康署2015年癌症登記報告顯示，診斷胃腸道基質瘤者有387人，其中胃部發現有209人，小腸發現有178人。 胃腸道基質瘤以往容易被歸類為其他軟組織肉瘤，所以發生率往往被低估。 目前全球醫界共識，沒有所謂良性的胃腸道基質瘤，也就是說，所有的胃腸道基質瘤都應視為惡性腫瘤。
